El padre de la bioinformática explica cómo la computación puede ayudar a comprender la complejidad de cada tumor y buscar tratamientos especializados.
Chris Sander / Investigador del Instituto de Cáncer Dana-Farber
Los grandes proyectos de secuenciación del genoma del cáncer iniciados hace una década han demostrado que cada tipo de tumor es tan diferente de otro a nivel genético y molecular que parecen enfermedades distintas. Esa heterogeneidad también se da dentro de cada paciente, una célula de un tumor puede ser muy distinta de la de al lado. Y toda esta variabilidad genética puede explicar por qué unas personas (y células) responden a los tratamientos oncológicos y otras no.
“Con tanta complejidad, sólo utilizando ordenadores se podrá resolver el problema”, explica Fátima Al-Shahrour, investigadora del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO). Al-Shahrour es especialista en bioinformática, una disciplina en expansión que mezcla el poder de cálculo de los ordenadores actuales con herramientas prestadas de las matemáticas y la estadística para analizar la inmensidad del Big Data genético del cáncer. Al-Shahrour ha sido una de las organizadoras de un congreso internacional del CNIO y La Fundación La Caixa que se ha centrado en cómo entender y combatir la heterogeneidad del cáncer gracias a la bioinformática.
Chris Sander, uno de los padres de esta disciplina, ha sido la estrella del congreso. Es investigador del Instituto de Cáncer Dana-Farber de Boston (EEUU) y uno de los líderes del Atlas del Genoma del Cáncer, un consorcio estadounidense que ha estudiado las variaciones genómicas de 30 tipos de tumores en 20.000 personas. “Esta base de datos nos abre ahora la visión a los detalles microscópicos de lo que sucede cuando hay un cáncer”, resalta Sander. Físico teórico, se pasó a la biomedicina hace más de cuatro décadas.
Sander ha dearrollado algoritmos capaces de resolver problemas de biología que se le resistían a los mayores superordenadores del mundo y creado unidades de bioinformática en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular y el Centro de Cáncer Memorial Sloan-Kettering de Nueva York. En esta entrevista explica cómo la bioinformática puede ayudar a encontrar nuevas terapias combinadas más efectivas y asequibles.
Pregunta. ¿Qué le diría a una persona con cáncer sobre cómo la bioinformática puede mejorar los tratamientos?
Respuesta. Por ejemplo, hemos demostrado que hay tumores cerebrales que parecen muy similares, pero cuando los analizas desde el punto de vista molecular y genético resulta que cada persona tiene un tumor diferente. Es la heterogeneidad del cáncer, lo que implica que cada uno necesitará una terapia diferente. Nosotros podemos relacionar el paisaje complejo de cada tumor y el número de drogas disponibles para encontrar la combinación correcta. Inicialmente lo vamos a estudiar en ensayos clínicos con pacientes y después comenzará a hacerse en los hospitales, como terapia.
P. Usted defiende que los pacientes también pueden tener un papel más activo en la lucha contra el cáncer
R. Sí. Por ahora el poder de la genómica en el cáncer son los más de 60.000 tumores analizados a nivel de genética molecular. Esa es la montaña de datos que tenemos. Lo que nos falta es una información equiparable sobre personas. Esa información está bloqueada en los hospitales y es incompleta. Tenemos que trabajar para estructurarla bien, publicarla y compartirla, de forma que podamos pasar de una montaña de datos genéticos a otra de datos de salud personales, historias médicas, estilos de vida, etc. Mi petición a los pacientes es que trabajen con la comunidad de ingenieros informáticos, los geeks, y que les dejen captar su información de salud a través de sus teléfonos inteligentes, de forma que podamos obtener esa información directamente de ellos. Esto ya está pasando, hay programas pilotos en marcha.
P. ¿Debe la gente preocuparse porque se expongan sus datos de salud?
R. Deberíamos crear un derecho constitucional de cada persona a la propiedad sobre su información genómica y de salud. Una vez tengas ese derecho podrás guardarte los datos solo para ti o compartirlos. Hay gente con un cáncer muy agresivo que quiere compartir sus datos mientras estén vivos porque esperan ayudar a otras personas conectadas, igual que en Facebook. Si conseguimos proteger ese derecho, creamos la libertad de compartir información. Y si lo hacemos bien, tendremos una base de datos extremadamente poderosa. Podremos multiplicar por 10 o por 100 los beneficios que ya permite la bioinformática en el tratamiento de tumores.
P. ¿Los ordenadores también pueden encontrar nuevos usos a fármacos ya existentes?
R. Sí. Especialmente con las llamadas terapias combinadas, cuando usas varias drogas juntas para combatir tumores que son resistentes a un fármaco. Una derivada de esto es que puedes evitar usar los fármacos más caros, de digamos unos 200.000 euros, y sustituirlos por una combinación de otros ya aprobados mucho más baratos. Este reposicionamiento ofrece una enorme oportunidad. Pero las grandes farmacéuticas se oponen. Han hecho grandes contribuciones para curar el cáncer, pero no están interesadas en hacer ensayos clínicos si no tienen la oportunidad de sacar un montón de dinero.
Si una combinación contiene un medicamento barato, las grandes farmacéuticas no harán el ensayo porque no aumentará sus beneficios. Por eso tenemos que encontrar la forma de hacer ensayos clínicos alternativos, financiados con dinero público. Es un problema social y político, pero hay la oportunidad de aportar un enorme beneficio a los pacientes con cáncer si hacemos ensayos públicos, por ejemplo sobre tumores muy especializados que no les interesan a las grandes compañías.
P. ¿Así que las grandes farmacéuticas se oponen al desarrollo de nuevos tratamientos?
R. Sí. Están poniendo el foco en una sección demasiado pequeña, debemos ampliar las miras.
P. ¿Cuándo llegarán las terapias mejoradas gracias a la bioinformática?
R. Ya. Es parte del sistema global de desarrollo de nuevas terapias. Por ejemplo, considera el melanoma, una enfermedad mortífera y muy rápida. Los nuevos ensayos clínicos de inmunoterapia han tenido una tasa de éxito de entre el 40% y el 50% dos años después del tratamiento, es decir, hay gente que potencialmente se ha curado o al menos no se morirá de melanoma. Es un logro rompedor. No se desprende directamente de la bioinformática, pero esta está ayudando a mejorar los resultados relacionando los tratamientos con el perfil genético de la gente y mostrando quién puede responder mejor.
P. ¿Cómo cree que afectará la victoria de Donald Trump a la ciencia en EE UU?
R. Yo le llamo basura [dump, en inglés], por razones obvias. Hace 77 años ya vimos dónde llevan ciertos movimientos políticos. Creo que ese es el mayor riesgo. Alguno de los políticos que han ganado las elecciones han negado la base científica del cambio climático, incluso en sus filas cuestionan la evolución. Si esa enemistad a la ciencia se traduce en recortes, habrá un problema en la investigación del cáncer. Como científicos debemos alzar la voz para que no haya un nuevo movimiento anticientífico.
P. ¿La medicina personalizada podría incrementar la desigualdad en algo tan importante como la salud?
R. Hay un problema sin resolver. Si quisiéramos reducir las muertes por cáncer en el mundo con una sola acción, esa sería una campaña mundial contra el tabaco y a favor de cambios en la dieta y los hábitos de vida. En una conferencia científica reciente en Singapur hubo una ponencia de Phillip Morris, una de las empresas del cáncer, que aseguraban estar haciendo investigación positiva en biología de sistemas.
Cuando miré de qué se trataba, estaban desarrollando nuevos cigarrillos un poquito menos peligrosos ¡y los presentaban como si fuera ciencia!
Como seres humanos estamos permitiendo que haya muertes por cáncer totalmente innecesarias y deberíamos pararlo. A no ser que solucionemos estos problemas sociales, la ciencia no podrá cambiar las cosas.
por Nuño Dominguez
22 Noviembre 2016
